Generálnym vikárom sa stal v roku 1991.
- 28. decembra 1992 ho pápež Ján Pavol II. menoval za titulárneho biskupa Vissalského a košického pomocného biskupa.
- 30. januára 1993 ho J. Em. Jozef kardinál Tomko v katedrále sv. Alžbety v Košiciach vysvätil za biskupa
- 1994 – účasť na obnove Kňazského seminára sv. Karola Boromejského v Košiciach.
- 1995 – veľký podiel na príprave návštevy Svätého Otca Jána Pavla II., ktorý kanonizoval Košických mučeníkov a ustanovil Košickú cirkevnú provinciu.
- 4. júna 2010 menovaný za košického arcibiskupa.
- 10. júla 2010 kánonicky prevzal úrad arcibiskupa-metropolitu Košickej arcidiecézy.
Jeho biskupské motto: Cum caritate, oboedientia et misericordia – s láskou, poslušnosťou a milosrdenstvom.
V rámci Konferencie biskupov Slovenska (KBS) bol ešte ako pomocný biskup poverený vedením Rady pre masmédiá. Pri KBS vznikla aj Rada pre pastoráciu menšín a zvlášť Rómov. Viedol a dodnes ju vedie. Gaboltovské púte Rómov sú viditeľným vrcholom dlhodobej a účinnej pastorácie Rómov v Košickej arcidiecéze.
Už ako pomocný biskup sa venoval cirkevnému školstvu v rámci arcidiecézy. Bol tiež poverený vedením Komisie pre katechizáciu a školstvo pri KBS, čo mu doteraz zaberá veľkú časť jeho bohatej agendy. Podpredsedom KBS je prvé obdobie.
Jeho pastoračná služba v arcidiecéze – početné návštevy farností, birmovky, vysviacky diakonov a kňazov a konsekrácie nových i opravených kostolov.
Krátko po kánonickom prevzatí arcidiecézy priniesol do Košíc (v septembri 2011) vzácnu relikviu sv. Ondreja apoštola a nadviazal priateľskú družbu s talianskou arcidiecézou Amalfi-Cava de Tirreni.
Mons. Bernarda Bobera charakterizuje mimoriadna mariánska úcta. Intenzívne sa usiluje o obnovu mariánskych pútnických miest, ktoré vyhlásil za diecézne svätyne. Sú to predovšetkým Gaboltov a Obišovce, kde v októbri 2017 zasvätil celú arcidiecézu Nepoškvrnenému Srdcu Panny Márie.
Každoročne usporadúva arcidiecézne púte do svetových pútnických destinácií, kam putuje vždy s veľkou skupinou pútnikov z celého východu Slovenska.
Veľmi mu leží na srdci pastoračná starostlivosť o rodiny. V najbližšom čase chce otvoriť diecézne Centrum pre rodinu. Podporuje univerzitnú pastoráciu, v ktorej pracuje najviac kňazov v porovnaní s ostatnými slovenskými diecézami. Prvenstvo má aj počet košických kňazov pôsobiacich v zahraničí.
Napomáha Ekuméne v meste i arcidiecéze. Chodieva na početné modlitbové stretnutia ekumenického spoločenstva v Prešove a v Košiciach.
Podporuje kvalitnú formáciu seminaristov. Ako prvý zo slovenských biskupov spustil projekt propedeutického ročníka podľa inštrukcií Ratio fundamentalis z roku 2016.
Od chvíle, keď sa stal arcibiskupom, prijal úlohu Veľkého kancelára na Katolíckej univerzite v Ružomberku, kde s veľkým nasadením ustál neľahké obdobie vnútorných bojov a deštruktívnej nejednoty.
Obnovil Augustineum v Bardejovských Kúpeľoch, ktorý slúži na duchovné obnovy a duchovné cvičenia pre kňazov, laikov a katechétov.
Keď sa pomocný biskup Košickej arcidiecézy Mons. Stanislav Stolárik stal diecéznym rožňavským biskupom, dostal nového pomocníka v osobe Mons. Marka Forgáča (vysvätený za pomocného biskupa 1. septembra 2016).
Dokáže odľahčiť situáciu a vniesť dynamiku do debaty. Má nadhľad nad vecami. Zložité situácie a prípady rieši citlivo. S kňazmi veľa komunikuje. V štruktúrach arcidiecézy dáva priestor mladým, kňazom i laikom.
Má cit a zmysel pre bratské spoločenstvo so svojím predchodcom Mons. Alojzom Tkáčom. Veľa komunikuje s predstaviteľmi verejného a spoločenského života a má medzi nimi veľa priateľov.